La construcción de este templo se debe a la voluntad de doña Juana de Arroyo, quien en 1783 dispuso en su testamento que una vez que muriera su hijo adoptivo, el doctor Juan Francisco de Avellafuerte, su hacienda de Tomelópez y sus ranchos, deberían ser arrendados para que con el dinero se financiara la construcción de una iglesia en honor de la Virgen de Guadalupe. Su voluntad tardó en cumplirse, pues fue hasta finales del siglo XIX cuando se construyó este templo de estilo neoclásico. Según el historiador J. Jesús Félix Magaña, este espacio religioso se inauguró hasta el 11 de julio de 1880.